Folgende Dienststellen des BMLRT führen Forschungsaktivitäten durch:
- Bundesamt für Wasserwirtschaft
- Bundesamt für Weinbau
- Bundesanstalt für Agrarwirtschaft und Bergbauernfragen
- Höhere Bundeslehranstalt und das Bundesamt für Wein- und Obstbau
- Höhere Bundeslehr- und Forschungsanstalt für Landwirtschaft Raumberg-Gumpenstein
- Höhere Bundeslehr- und Forschungsanstalt für Landwirtschaft und Ernährung sowie Lebensmittel- und Biotechnologie in Tirol
- Höhere Bundeslehr- und Forschungsanstalt für Landwirtschaft, Landtechnik sowie Lebensmittel- und Biotechnologie Francisco Josephinum in Wieselburg
- Höhere Bundeslehr- und Forschungsanstalt für Gartenbau und Österreichische Bundesgärten
- Hochschule für Agrar- und Umweltpädagogik Wien
Ausgegliederte Einrichtungen:
- Agentur für Gesundheit und Ernährungssicherung GmbH (AGES)
- Bundesforschungs- und Ausbildungszentrum für Wald, Naturgefahren und Landschaft (BFW)