Objectifs du projet
La diarrhée post-sevrage représente un problème majeur dans l'élevage des porcelets. Sa récurrence indique la présence de refuges pour les agents pathogènes responsables, tels que les systèmes d'abreuvement ou les biofilms. Le projet MikroWaSta vise à étudier le rôle des systèmes d'abreuvement dans la persistance de la diarrhée post-sevrage chez les porcelets. Des techniques microbiologiques traditionnelles et des méthodes modernes, comme le séquençage métagénomique à haut débit et le typage des souches, sont utilisées. L'objectif principal est de déterminer si les souches pathogènes d'Escherichia coli et de Clostridium perfringens utilisent les systèmes d'abreuvement comme refuges. Parallèlement, la diversité microbienne générale (microbiome), c'est-à-dire la variété des micro-organismes et leur dynamique au sein des systèmes d'abreuvement, sera évaluée, car elle pourrait favoriser la colonisation par les agents pathogènes responsables de la diarrhée. De plus, les facteurs influençant la qualité de l'eau seront analysés. Des analyses complémentaires des fèces et des aliments pour animaux permettront de rechercher des souches pathogènes d'Escherichia coli et de Clostridium.
Pertinence pratique
Ce projet de recherche vise à comparer la qualité microbiologique de l'eau potable de différents élevages porcins de Styrie, en s'intéressant particulièrement à la présence de souches pathogènes d'E. coli et de C. perfringens. Les élevages présentant une prévalence de diarrhée post-sevrage supérieure à la moyenne chez les porcelets seront comparés à ceux présentant une faible prévalence. Le projet cherche à déterminer si les systèmes de canalisations d'eau potable des porcheries peuvent présenter un risque microbien pour la santé des animaux et si ces micro-organismes sont présents dans les fèces et l'alimentation. Les investigations porteront également sur le rôle de la composition microbienne de l'eau potable et des biofilms présents dans les canalisations et les abreuvoirs dans la survenue de diarrhées chez les porcelets. La transmission potentielle de bactéries pathogènes aux cycles d'élevage suivants (« réinfections ») sera un point essentiel du projet. Enfin, l'impact des antibiotiques administrés par voie orale sur le microbiome de l'eau et des biofilms sera vérifié.
Caractérisation de la nouvelle fonctionnalité et description des performances
L'intérêt et la nouveauté du projet MikroWaSta résident dans son étude approfondie de l'eau potable et des systèmes d'abreuvement en tant que sources et réservoirs potentiels d'agents pathogènes responsables de diarrhées chez les porcelets. En combinant l'isolement de micro-organismes par culture, des analyses de parenté moléculaire et des évaluations de la diversité microbienne, ce projet offre, pour la première fois, une vision globale des processus microbiens au sein du réseau d'abreuvement des animaux. L'analyse des aliments et des fèces, axée sur les agents pathogènes diarrhéiques ciblés (souches d'E. coli et de C. perfringens), complète le champ d'étude. Le projet vise à démontrer si des germes pathogènes persistent dans les systèmes d'abreuvement des porcelets – notamment dans les biofilms des canalisations – ce qui pourrait entraîner la réinfection d'animaux nouvellement introduits ou la transmission d'agents pathogènes diarrhéiques d'un enclos à l'autre via le réseau de canalisations. La connaissance des voies d'infection potentielles permet une application plus ciblée des mesures d'hygiène, et la connaissance des bases moléculaires des agents pathogènes diarrhéiques permet une utilisation ciblée des antibiotiques, limitant ainsi la consommation excessive d'antibiotiques essentiels.
