Die Erhaltung zahlenmäßig stark verminderter und daher gefährdeter Nutztierrassen erfordert eine besonders gewissenhafte und speziell abgestimmte Zuchtplanung mit dem Ziel, Verluste von Genvarianten möglichst zu vermeiden.
Männliche Zuchttiere stehen oft nur sehr begrenzt zur Verfügung und sind meistens untereinander mehr oder weniger nahe verwandt. Dadurch wird die Auswahl der Paarungspartner sehr erschwert und es besteht ständig die Gefahr, dass nur sehr wenige geeignete Vatertiere vorhanden sind, die dann übermäßig stark zum Deckeinsatz kommen. Dies führt zu scharfer Selektion, Verstärkung der genetischen Drift und laufender Inzuchtzunahme in den Folgegenerationen, also tierzüchterischen Tatsachen, die die genetische Struktur einer Rasse deutlich verändern und eine langfristige Erhaltung der Identität einer Rasse mit ihrer genetischen Vielfalt nicht gewährleisten.

In Österreich wird daher ein Populationsplanungsprogramm mit Anpaarungsprogramm eingesetzt, das die Inzucht in kleinen Populationen möglichst gering hält und dadurch die genetische Vielfalt dieser Rassen erhalten bleibt. Durch Berechnung des Inzuchtkoeffizienten, der Inzuchtzunahme pro Zeiteinheit und der effektiven Populationsgröße können die Zuchtstrategien kontrolliert und auf ihre Effektivität hin evaluiert werden. Im Rahmen des Controllings der Zuchtmaßnahmen werden bei 20 anerkannt hochgefährdeten Rassen mit insgesamt ca. 9000 Tieren, die vorgenommenen Anpaarungsvorschläge stichprobenweise überprüft und die wichtigsten populationsgenetischen Kenndaten (Inzuchtsteigerung pro Generation und Zeiteinheit und effektive Populationsgröße) kontrolliert und somit der ‚genetische Zustand' jeder gefährdeten Rasse festgehalten und objektiviert. Die Ergebnisse des Controllings und dabei auftretende Fragen wurden regelmäßig mit den Verantwortlichen Organisationen erörtert.

Bei allen hochgefährdeten Rassen konnte ausnahmslos ein kontinuierliches Ansteigen des Vollständigkeitsindex der Pedigrees erreicht werden. Weiters konnte bei einem Großteil der untersuchten hochgefährdeten Rassen der Inzuchtkoeffizient stabil gehalten bzw. herabgesetzt werden und somit die Erhaltung der Genvarianten sichergestellt werden.